سلام صدرا جان. دوره جاوا اسکریپت جداگانه هست البته تعریف آن پیچیده نیست، اما به احتمال زیاد مباحث مربوط به استفاده در js در پروژه mvc به صورت ویدیو آموزشی به دوره php و mysql اضافه میشه.
برای اینکه مشکل شما در حال حاضر برطرف بشه، باید مسیر فایل js رو در فایل footer.php قبل از تگ </body> و </html> اضافه کنید.
برای مثل به صورت زیر عمل کنید
<script src="file.js"></script>
</body>
</html>به این شکل دیگه مشکل فراخوانی js حل میشه و توی همه صفحات لود میشه.
